２００７年，环境保护部在三峡库区长江干支流共布设了１３个水质监测断面，其中干流断面６个，一级支流断面７个。监测表明，三峡库区２００７年干流水质好于上年，在６个断面中，沱口、官渡口断面水质为Ⅱ类，朱沱、铜罐驿、寸滩、清溪场４个断面水质为Ⅲ类。其中，朱沱、寸滩断面水质由上年的Ⅳ类变为Ⅲ类。

    ２００７年三峡库区支流水质较差，但略好于上年。７个断面中，北碚断面水质为Ⅱ类，临江门、武隆断面水质为Ⅲ类，其余４个河口断面受总磷影响水质均为Ⅳ类。

    三峡库区７条长江一级支流２００７年出现了水华现象，水华分别出现在汝溪河、黄金河、澎溪河、磨刀溪、梅溪河、大宁河和香溪河，藻类优势种主要为硅藻门小环藻、甲藻门多甲藻、绿藻门空球藻、隐藻门隐藻以及蓝藻门水华微囊藻等。库区部分支流水华藻类优势种总体上呈现出由河流型（硅藻、甲藻等）向湖泊型（绿藻、隐藻、蓝藻等）演变的趋势。

    监测结果显示，库区支流水体氮、磷含量较高，总体处于中营养——富营养水平，局部水域部分时段富营养化水平较高。